【2025年最新版】ネットショップ運営代行おすすめ10選！もう業務に悩まないプロの活用術

「ネットショップの売上が伸び悩んでいる…」「商品開発やマーケティングに集中したいけど、日々の業務に追われている…」「ECサイトの運営って、専門知識が必要で大変そう…」

このような悩みをお持ちではありませんか？

ネットショップ運営には、商品登録から受注処理、広告運用、顧客対応、物流手配まで、非常に多岐にわたる業務と専門知識が求められます。自社で全てを賄おうとすると、人件費やノウハウ習得に膨大な時間と労力がかかり、結果的に本業がおろそかになってしまうことも少なくありません。

そこで注目したいのが、「ネットショップ運営代行サービス」。プロに運営を任せることで、自社リソースを商品企画やマーケティングといったコア業務に集中でき、EC事業を効率的に成長させることができます。

この記事では、「実績」「対応領域」「料金プラン」「サポート体制」「プラットフォーム対応」の5つの視点で厳選した運営代行サービス10社を、ランキング形式でご紹介します。初心者の方でも安心して選べるよう、各社の強みや特徴を分かりやすく解説していきますので、ぜひ参考にしてください。

ネットショップ運営代行をおすすめする理由とは？プロに任せるメリット

ECサイトの運営は、一見シンプルに見えても、その裏側には複雑で専門的な業務が山積しています。自社で全てをこなそうとすると、以下のような課題に直面しがちです。

ネットショップを立ち上げるときにありがちな問題と課題

• 人材不足・ノウハウ不足：ECに関する専門知識を持つ人材の確保や育成には時間とコストがかかります。
• 業務負荷の増大：日々の商品登録、受発注管理、問い合わせ対応などに追われ、本来注力すべきマーケティングや商品開発に手が回らない。
• 売上向上の壁：効果的な集客施策やデータ分析ができず、なかなか売上が伸びない。

このような課題を解決し、EC事業を効率的に成長させるために、ネットショップ運営代行サービスは非常に有効な選択肢となります。

ECサイトをプロに丸投げするメリット

しかし、運営をプロに任せることで、主に以下のようなメリットが得られます。

• プロによる完全代行＆手厚いサポート体制：EC運営のプロフェッショナルが、初回から専任のディレクターとしてつき、サイトの立ち上げから日々の運営、改善まで一貫してサポートしてくれます。ノウハウがなくても安心です。
• 対応領域の広さ：商品登録やページ制作、広告運用、出荷手配、カスタマーサポート、SEO対策、メルマガ配信など、EC運営に関わる幅広い業務をワンストップで代行してくれます。
• 料金プランの透明性：月額定額制や成果報酬型、初期費用無料など、多様な料金プランが用意されており、自社の予算や事業フェーズに合わせて最適なプランを選択できます。
• 主要プラットフォームへの柔軟な対応：楽天市場、Amazon、Yahoo!ショッピングといったモール型ECだけでなく、Shopify、Makeshop、futureshopなどの自社EC構築プラットフォームにも柔軟に対応している会社が多いです。
• データの可視化と改善提案：運営状況を定期的にレポートしてくれたり、定例ミーティングを通じて売上向上のための具体的な改善提案をしてくれたりする会社が多く、PDCAサイクルを効率的に回せます。

これらのメリットを享受することで、あなたは商品企画やブランド戦略といった「あなたにしかできない仕事」に集中し、EC事業をより大きく、強くしていくことができるでしょう。

【売上アップを本気で目指すなら！】ネットショップ運営代行おすすめ10選

ここでは、初心者から大規模サイトまで幅広く使える、信頼できるネットショップ運営代行サービスを厳選してご紹介します。各社の特徴や強み、価格帯などを比較しながら、あなたのビジネスに最適なパートナーを見つけてください。

1. Makeshop（メイクショップ）：ECサイト構築から「売れる」運営までトータル支援

Makeshop（メイクショップ）は、ECサイト構築サービスとして高い実績を持つGMOメイクショップ株式会社が提供する、「売れるネットショップ」に特化した運営代行サービスです。特に売上規模が大きいショップでの実績が豊富で、そのノウハウを最大限に活用し、売上アップを強力にサポートしてくれます。

• 特徴と強み：
  • ECサイト構築ツールとの連携力：Makeshop自体が多機能なEC構築ツールであるため、その機能を最大限に引き出す運営ノウハウを持っています。
  • 「売れる」ための豊富な機能と戦略：SEO対策、集客、販促、顧客管理、分析まで、売上を伸ばすためのあらゆる側面からサポートします。
  • 手厚いサポート体制：専任のディレクターがつき、戦略立案から実行、改善までを一貫してサポートしてくれます。
  • 費用対効果の高さ：成果に繋がる運営代行を提供し、手数料も比較的低めに設定されているため、売上が伸びるほど利益を確保しやすくなります。
• 価格帯の目安：月額費用はプランや代行範囲によって異なりますが、成果を重視する中〜大規模ショップに適しています。詳細はお問い合わせください。
• こんな方におすすめ：
  • 現在Makeshopでショップを運営している、またはMakeshopでの開業を検討している方。
  • 「売れる」ための機能を最大限に活用し、確実に売上を伸ばしたい方。
  • EC事業を本格的なビジネスとして成長させたいと考えている法人や個人事業主。

Makeshopは、ただ運営を代行するだけでなく、売上アップのための戦略策定から実行までを強力に支援してくれる、頼れるパートナーとなるでしょう。まずは詳細を問い合わせて、自社の課題解決に向けた具体的な提案を受けてみることをおすすめします。

2. アートトレーディング株式会社：物流とCRMに強みを持つ総合EC支援

アートトレーディングは、15年以上の実績を誇る老舗のEC運営代行会社です。特に、商品撮影から物流手配、LINEチャットボットによる顧客対応までをワンストップでサポートしてくれる点が強みです。リピーター獲得のためのCRM（顧客関係管理）構築にも力を入れています。

• 価格の目安：成果報酬型（売上の5～10％）が中心ですが、定額プランもあります。
• 得意領域：物流連携、CRM構築、リピーター施策、商品撮影。
• 独自機能：LINEチャットボット連携、定期購入モデル構築の支援。
• こんな方におすすめ：物流業務に課題がある、リピーターを増やしたい、顧客対応を効率化したい企業。

3. サヴァリ株式会社：モール型EC（楽天市場・Amazon）に特化したプロ集団

楽天市場やAmazonでの運営支援に強みを持つサヴァリは、**各モールの店長経験者が集結**している点が特徴です。モールごとの特性を熟知しているため、広告運用からSEO、商品施策まで、モールに最適化した総合的な支援が期待できます。

• 価格の目安：月額150,000円～、初期費用50,000円。
• 得意領域：楽天市場、Amazon、Yahoo!ショッピングなどのモール横断分析、キーワード最適化、リスティング広告運用。
• 独自機能：モール間連携ツールの独自開発、LTV（顧客生涯価値）解析レポート。
• こんな方におすすめ：楽天市場やAmazonでの売上を最大化したい、モール運営のノウハウがない企業。

4. 株式会社飛躍：Shopify専門！越境ECも視野に入れるなら

Shopify Plus公式パートナーである飛躍は、越境ECを含むShopify構築と運営代行に特化しています。API連携による在庫管理・受注自動化を標準で提供し、グローバル展開を視野に入れている企業を強力に支援します。

• 価格の目安：月額200,000円～、初期費用100,000円～。
• 得意領域：Shopify構築・運用、越境EC、APIカスタマイズ、多言語対応。
• 独自機能：Shopify独自アプリ開発、海外物流パートナー連携。
• こんな方におすすめ：ShopifyでECサイトを立ち上げたい、海外展開を考えている企業。

5. 株式会社いつも：専任チームによる統合的なPDCA運用

株式会社いつもは、専任チームが広告運用からサイト改善、カスタマーサポートまで一貫して対応してくれる代行会社です。統合レポートとKPI管理でPDCAサイクルを高速化し、高効率な運営を実現します。

• 価格の目安：月額250,000円～、KPI設定費用込み。
• 得意領域：統合レポート作成、広告最適化、サイトUI/UX改善。
• 独自機能：カスタマイズ可能なダッシュボード、自動ABテスト機能。
• こんな方におすすめ：データに基づいたPDCAを効率的に回したい、複数の施策を統合的に管理したい企業。

6. NE株式会社（ネクストエンジン）：受注・在庫管理の自動化で業務効率化

NE株式会社は、ECとモール運営を一元管理するプラットフォーム「ネクストエンジン」と運営代行を提供しています。受注・在庫・出荷業務をAPI連携で自動化し、運営工数を大幅に削減したい企業に最適です。

• 価格の目安：月額50,000円～、初期費用30,000円～。
• 得意領域：在庫・受注管理自動化、複数モール同期、業務効率化。
• 独自機能：自動帳票生成、ECコンサルティングプラン。
• こんな方におすすめ：複数のECサイトやモールを運営しており、バックヤード業務の効率化が課題の企業。

7. 株式会社idiom：Amazon出身者が手掛ける広告・SEO特化型

Amazon出身のメンバーが運営するidiomは、広告運用とSEOを融合した成果重視の代行サービスを提供しています。広告費用対効果を最大化しつつ、検索エンジンからの自然流入も強化したい場合に強みを発揮します。

• 価格の目安：月額150,000円～、成果報酬オプションあり。
• 得意領域：広告最適化、SEOキーワード分析、広告費用対効果の改善。
• 独自機能：自社開発のキーワード選定ツール、CTR（クリック率）改善レポート。
• こんな方におすすめ：広告運用とSEOの両面から売上を伸ばしたい、Amazonでの販売強化を考えている企業。

8. YUGETA ECコンサルティング：データドリブンなLTV向上戦略

YUGETA ECコンサルティングは、LP制作からCRM構築、LTV（顧客生涯価値）分析までをワンストップで提供しています。データに基づいた顧客育成とリピート施策に強みがあり、持続的な成長戦略を支援します。

• 価格の目安：月額200,000円～、初期費用100,000円～。
• 得意領域：LP（ランディングページ）最適化、CRM導入、LTV分析、顧客育成。
• 独自機能：カスタムBIレポート、メール自動配信シナリオ設計。
• こんな方におすすめ：顧客単価やリピート率を高めたい、データに基づいた顧客戦略を構築したい企業。

9. 株式会社Proteinum：大手モール出身者が手掛ける総合EC支援

Proteinumには大手モール出身のコンサルタントが在籍しており、戦略立案から広告運用、サイト改善まで総合的に支援してくれます。データドリブンなアプローチで、EC事業全体の成長をサポートします。

• 価格の目安：月額300,000円～、成果報酬型オプションあり。
• 得意領域：データドリブン戦略、マーケティング自動化プラットフォーム提供、売上予測。
• 独自機能：AI自動レポート、売上予測モデル。
• こんな方におすすめ：大手モールでの豊富な経験を持つプロに相談したい、包括的なEC戦略を立てたい企業。

10. ワンプルーフ：業務自動化と24時間監視で安心運用

ワンプルーフは月額350,000円～の定額プランで、ECサイト立ち上げから運営までをフルサポートしてくれる代行会社です。独自開発ツールによる業務自動化と24時間監視体制が特長で、安定したEC運営を実現します。

• 価格の目安：月額350,000円～、初期費用200,000円～。
• 得意領域：業務自動化、監視・運用効率化、システム連携。
• 独自機能：自動レポート生成、24/7監視アラートシステム。
• こんな方におすすめ：ECサイトの安定稼働を重視したい、システム連携や自動化を進めたい企業。

ネットショップ運営代行を選ぶときの注意点：失敗しないためのポイント

数ある運営代行会社の中から最適なパートナーを選ぶためには、いくつかの重要なポイントを押さえておく必要があります。以下の点に注意して、長期的に安心して任せられる会社を見極めましょう。

対応プラットフォーム

自社が利用している、または今後利用したい楽天市場、Amazon、Shopify、自社ECなどのプラットフォームに対応しているか確認しましょう。複数のプラットフォームを運営している場合は、それらを一元管理できるかどうかも重要です。

料金体系

月額定額制、成果報酬型、またはその組み合わせなど、料金体系は会社によって様々です。自社の予算や売上の見込みに合わせて、最もコストパフォーマンスの良いプランを選びましょう。特に成果報酬型の場合は、計算方法や上限などを細かく確認することが大切です。

契約期間と解約条件

最低利用期間が設けられている場合や、途中解約時の違約金が発生する場合もあります。契約前に必ず確認し、無理のない条件の会社を選びましょう。

レポート頻度と内容

週次・月次の運用レポートやKPI（重要業績評価指標）管理がどのように整備されているかを確認しましょう。定期的な報告と具体的な改善提案があることで、運営状況を把握しやすくなります。

コミュニケーション体制

専任担当者の有無や、連絡手段（Slack、メール、電話など）を確認し、スムーズなコミュニケーションが取れるかどうかを見極めましょう。緊急時の対応なども事前に確認しておくと安心です。

実績と得意領域

自社の商材や業界での実績があるか、または特に強化したい分野（集客、物流、顧客対応など）を得意としているかを確認することで、より効果的なサポートが期待できます。

これらのポイントを踏まえ、まずは無料相談やトライアルを積極的に活用し、実際のコミュニケーションやサービス品質を体感してから契約することが、失敗しない運営代行選びの鍵となります。

まとめ：ネットショップ運営代行で事業を「加速」させよう！

ネットショップ運営代行サービスは、EC事業における時間と労力の課題を解決し、本業に集中しながら売上を加速させる強力なパートナーです。

この記事では、売上を本気で伸ばしたい方におすすめのMakeshop運営代行をはじめ、それぞれの強みを持つ計10社のサービスをご紹介しました。各社の特徴や料金体系、得意分野を比較検討し、あなたのビジネスモデルや目指す目標に最も合致する会社を見つけてください。

まずは気になるサービスに問い合わせて、無料相談やトライアルを活用し、サービス品質と相性を確認した上で最適な代行会社を選びましょう。プロの力を借りて、あなたのネットショップを次のステージへと引き上げてくださいね！